Trình tự áp dụng HACCP gồm 12 bước, trong đó 7 nguyên tắc trên cũng đồng thời là 7 bước cuối. Còn 5 bước trước đó là:

• Thành lập nhóm HACCP;
• Ghi chép, thuyết minh về thực phẩm (tính an toàn, thời hạn sử dụng, bao gói, hình thức phân phối);
• Xác nhận phương pháp sử dụng thực phẩm;
• Vạch sơ đồ trình tự chế biến thực phẩm;
• Kiểm tra tại nhà máy trình tự chế biến thực phẩm.

Việc nhận diện mối nguy dựa trên kiến thức chuyên môn, kinh nghiệm và sự hiểu biết về thực trạng điều kiện sản xuất của mỗi nhà máy.